L’existence de l’Atlantide reste à ce jour toujours à prouver. Le lien entre elle et l’archipel de Théra date seulement du XXe siècle quand l’archéologue Spyridon Marinatos émet l’hypothèse, invalidée depuis, que l’explosion du volcan thérin, vers 1600 avant notre ère, a causé un tsunami qui a ravagé la Crète au point de détruire la civilisation minoenne.

Avant ce cataclysme, Théra, qui ne s’appelait pas encore ainsi, était sans doute peuplé de gens venus de Crète justement. Ils ont dû abandonner l’archipel au moment de celui-ci et n’ont pas pu y revenir. Les retombées volcaniques ont acidifié et stérilisé la terre pour plusieurs siècles.

Ce n’est qu’au IXe avant notre ère que des Spartiates viennent à nouveau y habiter et y fonder une colonie qui prend le nom de Théra. L’archipel ne cessera plus d’être habité.