Il n’y a pas de ruines englouties près de Théra. Les ruines les plus anciennes découvertes sur l'archipel sont celles de la cité d’Akrotiri, détruite par le cataclysme de – 1600.

À ce moment, la ville, dépourvue de fortifications, compte déjà plusieurs milliers d’habitants. La vie s’y organise autour de bâtiments à étages qui servent autant à l’habitation qu'à l’artisanat (poterie, métallurgie, fabrication d’amphore, de tissus… )

Le commerce de ces fabrications locales ainsi que la vente de vin, d’huile et de miel apporte une certaine prospérité. Elle permet l’importation de viandes et d’objets variés de Grèce, mais aussi la construction d’un premier réseau d’égouts et la réalisation de fresques qui n’ont rien à envier à celles de Cnossos.