Il n’y a pas de ruines englouties près de Théra. Les ruines les plus anciennes découvertes sur les îles sont celles de la cité d’Akrotiri, détruite par le cataclysme de – 1600.

À ce moment, la petite ville comptait plusieurs milliers d’habitants. Comme en Crète, on n’y trouvait aucune fortification ni aucune installation militaire particulière. La vie s’y organisait autour de bâtiments à étages qui servaient autant à l’artisanat (poterie, métallurgie, fabrication d’amphore, de tissus… ) qu’à l’habitation.

La prospérité venait du commerce de ces fabrications locales ainsi que de celui du vin, de l’huile, du miel. Elle a permis l’importation de viandes et d’artefacts variés de Grèce, mais aussi la construction d’un premier réseau d’égouts et la réalisation de fresques qui n’ont rien à envier à celles de Cnossos.